A partir de 1995, a associação passou a proporcionar cuidados específicos a crianças e a adolescentes com outras perturbações do desenvolvimento, designadamente com Dificuldades de Aprendizagem (Dislexia, Disgrafia e Discalculia), com Perturbação de Hiperatividade com Défice de Atenção, com Perturbações da Linguagem, com Perturbações da Coordenação Motora, com Autismo e com a Síndrome de Asperger.

Na sequência deste sucesso técnico-científico, um conjunto de profissionais, todos treinados pela Escola de Desenvolvimento da APPT21, a que se associaram figuras nacionais de primeiro plano nas áreas do Desenvolvimento e da Neuropediatria,decidiram que, no ano de 2004, se daria início a um novo ciclo institucional e assistencial, expresso, entre outras iniciativas, pela edificação de um Centro de Desenvolvimento Infantil em Chelas, Lisboa.

Constituiu-se, assim, pela diversidade e qualidade dos serviços prestados, o Centro “Diferenças”, um dos mais criativos e avançados Centros de Desenvolvimento da Europa, que acompanha atualmente mais de 10.000 crianças em todo o país e proporciona apoio a cerca de 1.200 pessoas com Trissomia 21. Centro de excelência no âmbito do desenvolvimento infantil, é no Diferenças que estão reunidos os médicos e os profissionais de diferentes áreas que se destacam a nível nacional pelas suas capacidades técnicas e conhecimentos científicos. O Diferenças disponibiliza um vasto conjunto de serviços de apoio para todas as perturbações do desenvolvimento. Trabalha diariamente para a concretização do nobre ideal da discriminação positiva das crianças, adolescentes e adultos com perturbações do desenvolvimento.